高一功在东川府的惨败导致之前已经倒向顺军的局势再次发生了反复，顺军在南线的优势基本上已经是荡然无存，很快粤国公黄琦集结明军再次杀入四川南部，所到之处顺军几乎全都是望风而逃，高一功和刘芳亮也试图集结顺军展开抵抗，但是他们集结的顺军面对明军屡战屡败，南线的明军由于气候湿热战事不利本来就士气不高，而由于高一功的失利更是让他们的士气跌落谷底。

    提督高一功见状不得不派出使者向顺王李自成请求援兵，李自成对高一功的表现也是满头黑线，但是李自成现在也不好直接发作，因为就是李自成为了收拢南线的兵权，才让此前没有独自领军作战经验的高一功去南线担任总指挥，如果真的要追究此事那么李自成也是难逃其咎，于是李自成只能去命令高一功收拢兵力并回缩防线，当然换句话说就是主动放弃川南州府。

    黄琦则趁机率领明军不断的北上进攻，很快明军就占领了大量川南城池，唐王朱聿键在得到这个消息后那是非常开心，他因此认为单靠自己直辖的人马也足以击垮顺军，哪怕楚国公黄得功和荆国公金声桓不再继续跟顺军交战，于是朱聿键开始下令集结广东广西明军北上进入川南，同时他还在打算亲自率领近卫军去御驾亲征，同时朱聿键让云南沐府抽调云南明军配合他进攻四川。

    然而朱聿键的这个决定却造成了很严重的后果，虽然云南明军都是缺乏训练和装备的旧式军队，但是云南沐府长期需要依靠这些军队维持他们在云南统治，结果这些军队被抽调后云南沐府彻底无法压制云南本地的土司了，毕竟云南沐府已经没有了他们祖先的勇武，而云南土司见天下大乱也都有了逐鹿云南割据称霸的想法了，更何况李自成也有意支持他们去造反。

    结果很快云南土司中实力最强的沙定洲就公然举兵发动叛乱，沙定洲早年在昆明任职的时候就对云南沐府的财富非常的眼红，加上李自成派人秘密跟他的妻子万氏取得联系，于是沙定洲就在万氏的怂恿下趁沐府军队被调到四川的时候起兵造反，很快他的军队迅就速横扫了大半个云南，甚至昆明都直接被沙定洲的土司叛军攻占，宋氏只能带着沐天波等沐府家眷跑去投奔朱聿键。

    朱聿键在得知军情后差点没有当场被气晕，“这个云南沐府真的是群废物啊！当年跟我谈条件的时候还搁那耀武扬威，结果他们实际上就这水平吗？这帮人打不过闯贼也就罢了，他们怎么就连境内的土司都压制不了了？我大明要是有一天真的亡国了，恐怕就亡在这群无能之辈上！”，朱聿键气得直接当着宋氏的面破口大骂，沐府众人被他吓得瑟瑟发抖。

    此时坐镇东川府的朱聿键起的暴跳如雷，他很清楚如果昆明被沙定洲占领，那么自己在川南集结的大军就会有断粮的风险，到时候他不要说进军四川消灭李自成，那么恐怕军队会直接就地哗变了，常年跟拥兵自重的明军将领打交道的朱聿键并不傻，他好歹也算是曾经带兵在前线真刀真枪的玩命，他知道没有粮草任何军队都没戏。

    宋氏和沐天波等沐府家属被火冒三丈的朱聿键吓得瑟瑟发抖，他们现在完全没有了当年抗拒明军进入云南的强硬态度，现在他们不过就是一群丧家之犬，没有朱聿键的保护他们恐怕完全活不下去，而且经过这个事件后，哪怕之后朱聿键率兵消灭沙定洲夺回云南，沐府这些失去了手中地盘的破落户也不要想重新执政了，他们之后最多也只能当个摆在台面的花瓶。

    朱聿键麾下的将领则纷纷劝说朱聿键跟顺军议和，且不说闽军和粤军这种由国公直辖的地方军，就是朱聿键直辖的将领也有不小的权力，比如曾英和杨展麾下的明军都是跟他们征战多年的老部下，所以明军诸将全都有底气直接劝朱聿键议和，毕竟他们非常清楚目前的危险局势，如果顺王李自成和沙定洲前后夹击他们，明军的后果将会不堪设想。

    在这种情况下朱聿键最终不得不同意派人跟李自成议和，李自成对明军议和自然是非常的欢迎，现在顺军在南线基本上已经没有什么士气了，而驻守贵州的李竟志的军队抽不出来，李自成坐镇成都也已经没多少生力军能去增援高一功，他现在手头上的主力军也就直辖的近卫军，但是如果李自成把近卫军派到南线，那么四川腹地都有可能出现动乱。

    打到这个程度李自成已经意识到没有必要继续打下去，按照目前的战场情况来看，如果继续去跟唐王政权打自己不但很难取得全面胜利，而且李自成还会陷入到更深的泥潭中，这场战争不但让大量四川州府陷入了战之中火，而且李自成带到四川的二十万中原顺军也已经折损过半，这些主力军可是李自成在四川立足的根基，但是他们在战争中因为水土不服装备落后导致损失惨重。

    就这样很快李自成就答应跟唐王朱聿键展开谈判，由于双方都已经无心继续作战，所以很快双方就达成了停战协议，李自成承认唐王朱聿键占领云南和广西，朱聿键则承认李自成占领四川和贵州，而随着李自成和朱聿键达成了和平条约，楚国公黄得功和荆国公金声桓也相继跟李自成达成了和约，由于战场局势四川的边境线被双方进行了重新划分，而李自成也在经济上给予金声桓和黄得功补偿。

    至此顺王李自成和唐王朱聿键的明顺西南战争彻底结束，虽然此前大明已经在名义上平定四方，但是实际上就是各路国公瓜分了西北和华北的领土，但是这也就意味着这些国公并没有实际控制其他大明治下的领土，而经过这场西南战争，大明西南各省基本上也被名义上效忠大明的势力彻底控制，唐王阵营也获得了很大的利益。