（公元1200年），铁木真会同王汗攻打泰赤乌部，在斡难河北得胜，杀塔儿忽台。接着又随从王汗进兵今“呼伦贝尔草原”，攻打合答斤、散只兀、朵儿边、塔塔儿、弘吉剌等部，获得了大量的牧民，牲畜。

    草原各部贵族害怕铁木真的崛起，打乱原有平衡，损失他们个人利益，便联合推举札木合为“古儿汗（即众汗之汗），誓与铁木真血战。宋嘉泰元年（公元1201年），札木合联合塔塔儿、弘吉刺、合答斤等十一部，组成部落联军向铁木真发起攻击，双方在海刺尔河支流帖尼河畔交战。在帖尼河之战中，铁木真击败了札木合。（公元1202年）秋季，阔亦田之战爆发。此战原是乃蛮部酋长不欲鲁罕（亦作盔禄汗、不亦鲁黑汗）联合蔑儿乞惕部酋长脱黑脱阿对克烈部的战争，以后，札木合与泰赤乌、朵儿边、合答斤、撒勒只兀惕、塔塔儿的残余势力也加入其中，铁木真遂与王汗联合对抗以上诸部。战争之初，王汗与铁木真的联军失利，从兀鲁回·失连真河（今内蒙古东乌珠穆沁旗乌拉根果勒、舍野月机果勒）退兵入金长城（边墙），以长城阿兰塞为壁坚守。乃蛮部联军追踪而至，铁木真派阿勒坛、忽察儿、答里台三人为先锋，王罕派桑昆（亦剌合）、札合·敢不、必勒格·别乞三人为先锋与乃蛮联军作战，双方在阔亦田（今贝尔湖哈拉河上源处）发生决战，乃蛮部联军战败。札木合见大军战败，不战而走，向额尔古纳河下游撤退，沿途大肆蹂躏，王汗大军紧迫不舍，在额尔古纳河畔击败札木合，札木合投降。随后，铁木真进兵消灭了答兰涅木儿格思之地（在今贝尔湖南地区）的塔塔儿部。在攻打塔塔儿之前，铁木真发布了两条札撒（即战争法令），第一是战胜时不许贪财，事后按平均分所得财物；二是战斗中兵马退动至原排阵处要返回力战（防止冲乱本军阵脚），违者斩。这也是铁木真就任联盟首领后的第一次立法，其意义在于提高汗权，限制各家贵族。而在之后不遵命令的乞颜族。也被铁木真派那可儿责罚。

    泰赤兀部众被迫向铁木真投诚。泰赤兀部的覆灭，消除了铁木真统一蒙古各部落的巨大障碍，而其部将如神箭手哲别、纳牙阿等也成为铁木真征战天下的得力战将。

    经过两次大战之后，札木合势力衰落，蒙古高原形成了东、西两强局面：斡难河以东、大兴安岭以西的蒙古高原东部归铁木真统治；斡难河以西至阿尔泰山以东的蒙古高原西部由王汗统治。

    铁木真的势力日益壮大，也引起王汗及其子桑昆的疑忌，札木合、按弹等蒙古部贵族也力劝王汗除掉铁木真。

    （公元1203年），王汗父子计议伪许婚约，邀铁木真来饮“布浑察儿”（定婚宴），乘机谋害，铁木真得到密报，急忙整军备战。王汗谋泄，发兵来攻，双方战于合兰真沙陀（今内蒙古乌珠穆沁旗境），铁木真因将少兵寡而失利，部众溃散（史称合阑真沙陀战）。

    铁木真退到哈拉哈河旁的建忒该山整顿溃卒，仅剩不到五千骑兵，然后转移到班朱尼河（又作巴勒渚纳河，今呼伦湖西南地区附近）休整。

    当时铁木真的处境极为艰难，环境极为困难，至射野马为食，汲浑水以饮，于是“举手仰天”，与追随他的那可儿们宣誓：“使我克定大业，当与诸人同甘苦。苟渝此言，有如河水。”是为班朱尼河盟誓，“同饮班朱泥河水”成为铁木真艰苦创业的一段佳话。

    而铁木真在元气渐复后，探知王汗正在折折运都山（今克鲁伦河上游地区）宴饮欢娱，毫无防备，于是率军偷袭，围攻王汗营帐，经过三天三夜激战，击溃其主力（被称折折运都山之战）。

    王汗在逃脱过程中，在蛮境被蛮人所杀，亦剌合逃到西夏，被驱逐，后辗转至曲先（今新疆库车），也被当地人所杀。

    至此，铁木真完全征服了东起大兴安岭、西至杭爱山的所有部落，成为了这片土地的主宰，也为帝王大业奠定了了基础。

    克烈的灭亡震惊了乃蛮部统治者，（公元1204年），自恃武力强大的乃蛮部首领太阳汗决定出兵攻打蒙古，并遣使连结漠南的汪古部落，但未能成功，汪古部落反而将乃蛮使者及情报送知铁木真。铁木真得报后，决议将军马集中在哈拉哈河旁，按千户、百户、十户统一编组，委派各级那颜，并建立了一支护卫军。然后率军逆克鲁伦河西进，布阵于萨里川（今克鲁伦河与土拉河两河上游地区）。太阳汗除率乃蛮本部军外，又收罗了札木合等一批蒙古、克烈败散的贵族，蔑儿乞，斡亦刺部亦领兵来助，兵力甚多，但军纪涣散，且内部矛盾重重，太阳汗又软弱无能。当乃蛮军进至鄂尔浑河之东的纳忽昆山时，蒙古军亦至，札木合等见铁木真军容甚盛，难以取胜，即离太阳汗散去。乃蛮军大败，太阳汗受伤被擒，不久后死去；其子屈出律率残部西逃，投奔其叔不欲鲁罕。铁木真乘胜进兵至阿勒台山，征服了乃蛮部。札木合逃亡到倘鲁山（今唐努山地区），被跟随他的五个那可儿捕送都被铁木真处死。

    在灭了太阳汗后，铁木真立刻发兵北攻三姓蔑儿乞部落，其首领脱脱逃奔乃蛮不欲鲁罕，蔑儿乞部亦被征服。（1206年）铁木真越过阿勒台山（今阿尔泰山），进入乃蛮北部兀鲁黑塔黑地区（今蒙古科布多省、巴彦乌列盖省等地区），对不欲鲁罕发起突然袭击。当时不欲鲁罕正猎于豁黑兀孙河（即索果河）上，猝然被擒，乃蛮北部亦亡。屈出律与脱黑脱阿西逃入也儿的石河（今额尔齐斯河地区）