郑芝龙对朱明复行过大礼，朱明复走到他身边，扶他起来，高兴的说道：“爱卿，不必多礼，你是义士，更是英雄啊。”郑芝龙闻言，颇为感动。

    郑芝龙其人乃是南方的大军阀，也可以说有些海盗背景，而且早年因为违反海禁、私自招募饥民去台湾，杀死了明朝将领俞咨皋，但明朝政府因为疲于应付闯军和清军，并没有过多理会郑芝龙，后来又归顺了朝廷，被封为游击将军，但郑芝龙拥兵自重，福建、浙江和南直隶的官员对他怀有芥蒂，多是利用他剿贼，却又排挤，郑芝龙一腔报国之志无法施展，郑芝龙此次鼓足勇气给朝廷提供海船，还暗自给陈演行贿，实则是想借此机会受到朝廷的重用。

    朱明复这一扶，还有那句“爱卿”，让他感到皇帝对他的信任和礼贤下士的态度，心中顿生温暖。朱明复接着道：“你在福建剿贼，经略台湾，驱逐外夷，有大功啊，但有也人总是上书弹劾你拥兵自重，违反海禁，朕忙于北方战事，无暇明察，你有委屈，朕有过失啊！”“陛下，您此言微臣万万受不起啊，微臣虽有微末功劳，但已蒙受皇恩，岂敢称委屈！”郑芝龙慌忙跪下，泣不成声。朱明复这句话也打开了郑芝龙的心结。朱明复心中也是欣喜万分，本来心中就有筹建大明海军的打算，结合主世界的历史，倒也想到了郑芝龙父子，但没想到这么个人才自己送上门来了，这可省了大功夫。

    一番客套后，朱明复直入主题：“郑爱卿，朕想要建一支强大的海军，你以为如何？”“陛下是指水师吗？”郑芝龙，朱明复摇摇头道：“朕说的并不是传统的水师，我打明明富有四海，岂可只龟缩陆地之上？朕听闻西洋各国……”朱明复介绍了当时欧洲各国的海军情况以及对海军的构想，其实都是结合载入的主世界历史资料来说的。这让郑芝龙目瞪口呆，因为他有自己的商队，经常和西洋人打交道，对西洋算是了解，没想到这位深宫中的皇帝居然了解的比他还多。两人一直畅谈道深夜，对海军的构想也初步形成。

    当然朱明复还强调了一点：“你虽忠义，但私自海贸，国法不容。”听到这里，郑芝龙吓了一跳，赶忙道：“陛下，微臣愿捐出全部家产，并立刻停止海贸。”“不，你的家产朕不要，但你要拿出一半来建设海军，还有，如今国库吃紧，海军的拨款不会很充足，朕以为是海贸不仅不能停，还要扩大，但要归海军统一管理，且要受户部监管，所得利润9成用于海军建设，1成归你，你意下如何？”朱明复接着道。“陛下果真英明神武，微臣万死不辞。”郑芝龙打心里佩服朱明复。

    次日，在朱明复的楼船上开了一场大朝会，四品以上的官员悉数到齐，但由于晕船的缘故，大臣们都病恹恹的，不过昨日，郑芝龙派人给各船的官员们送去了薄荷叶和橘子皮，使得大家大为好转，也对郑芝龙有所感激。

    王承恩，首先宣布了郑芝龙的剿贼、抗击外夷、派船护驾的三大功劳，而后宣布了今日的议题——建立皇家海军。

    朝堂上讨论了一会儿，但并不激烈，主要原因有三，一、哪些职业喷子——御史、给事中，不在这这里，二、大臣们习惯了皇帝各种新主义，只要不触及他们太大的利益，就无所谓。三、郑芝龙很会来事，朝中大员多少都有孝敬。

    但在给郑芝龙定品级和各部官员的品级的时候，吏部尚书李遇知却坚持不同意和官军同一标准，理由是海军新建，未立战功，而且现在的主要敌人也不在海上，户部尚书倪元璐出于财政支出的考虑也反对。最终一番商议后还是定下来海军建制：

    一、海军设四大舰队：北洋舰队、东洋舰队、南洋舰队、西洋舰队。但目前只建南洋舰队，每个舰队的规模为10万人，大小舰船2000艘。

    二、海军主帅为大都督，从一品，目前空置，四大舰队主官为都督，从二品，南洋舰队都督由郑芝龙担任，舰队下设分舰队，舰队主官为提督，从四品，分舰队下设各大舰，主官为舰长，从五品，在下则为营、连、排、什，和官军皇家军团同样，品级则都低一级。另外每个大舰队还设2个陆战师，主官为师长，从四品，规模与皇家第一军团的师级单位同等。

    三、海军南洋舰队军费，只拨官军的一半，其余由郑芝龙成立南洋舰队商贸司，自行筹集，但由户部监管，福建、广东、广西四省水师都并入南洋舰队。

    而这次海军的定制，也为后世大明海军留下了深远的影响。郑芝龙则是这次建军的最大受益者，首先官升三级，成为了从二品的大员，其次能够将自己的海贸合法化，最后建立了大明第一支海军，这必然名垂青史。